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    分子動力學-同源建模

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    分子動力學-同源建模

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    項目介紹

    同源建模是一種基于已知同源蛋白晶體結構（模板）預測未知結構蛋白三維構型的計算方法；結合分子動力學模擬，對建模得到的初始結構進行原子尺度弛豫與優化，修正不合理構象，獲得穩定可靠的蛋白三維結構模型。

    樣品要求

    1. 目標蛋白信息：
    - 氨基酸序列（FASTA格式）
    - 目標蛋白名稱及來源物種（可選）


    2.     模板信息（可選）：
    - 已知同源蛋白的PDB ID及序列相似性（通常需>30%）
    - 若無指定，由模擬方通過BLAST/PSI-BLAST搜索合適模板


    3.     建模參數：
    - 建模軟件（如Modeller、SWISS-MODEL、Rosetta）
    - 是否需建模多聚體、是否含配體/輔因子/金屬離子


    4.     分子動力學優化參數：
    - 力場類型（如AMBER、CHARMM）
    - 模擬時長（如10-50 ns用于結構弛豫）
    - 溶劑模型、溫度、離子濃度


    5.     輸出要求：
    - 目標蛋白三維結構模型（PDB格式）
    - 模板與目標序列比對結果
    - 模型質量評估：拉氏圖（Ramachandran plot）、ERRAT、QMEAN、DOPE評分
    - MD優化后的最終穩定構象
    - RMSD隨時間變化曲線（驗證結構穩定性）


    6.     計算資源：如需超算機時，需明確模擬時長與體系規模

    項目案例
    常見問題
    1、Q1、如果計算結果與預期不符合怎么辦？

    1.科研計算服務是一個探索的過程，其中存在不確定性。服務方對理論計算得到的數據負責， 但不保證理論數據能夠與預期結果完全一致。如果需要可以對模型進行適當調整，調整過程中若增加計算或者大規模的重新計算，需增加計算費用，價格另行協商。

    2.模擬計算存在不確定性，我們對計算過程的正確性負責。計算開始之后會消耗軟件，機時以及人力成本，所以不支持退款，敬請諒解


    2、Q2、模擬計算項目服務范圍？

    1.計算完成之后提供所需的計算方法，計算結果數據和圖文，以及關于計算結果中疑問的解答；

    2.文章回復意見中模擬計算問題進行適當的解答，若返稿后需要增加計算，需另行收費。


    3、Q3、關于模擬計算下單流程是怎么樣的呢？

    1.如果是確定計算需求，可以直接在測試狗官網選擇相應的項目進行下單，提交訂單時需填寫具體的計算內容，預期結構，分子結構及相關的參考文獻。如果網站上沒有對應的項目請選擇【私人定制】并在需求中寫明具體計算內容；

    2.如果不能確定計算內容，可以直接聯系工作人員進行需求溝通。

    分子動力學-同源建模

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    如果在訂單完成之后7天內對結果存疑,可申請同條件免費復測，更換條件或者參數不能參與免費復測保障服務，全程由專業團隊操作，確保結果有效性；

    2. 具體細則

    每單限1次復測機會，單次需小于5個樣品; 此外免費復測樣品必須為同一樣，私人定制、云視頻測試不可享受此服務；

    3. 注意事項

    如果由于您自身樣品的情況(樣品有問題/選錯測試條件等)將不可享受此服務；

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