成人3d动漫一区二区三区_五月天婷婷在线观看视频_999精品视频在线_久久免费看毛片_日本女优爱爱视频_裸体大乳女做爰69_成人午夜视频免费在线观看_777久久精品一区二区三区无码_欧美 日韩 激情_蜜臀av性久久久久蜜臀av_国产九九在线视频_日本丰满少妇xxxx

    預(yù)存
    Document
    當(dāng)前位置：文庫百科 ? 文章詳情
    Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析
    來源：本站 時間：2020-11-04 10:49:12 瀏覽：13220次
    注：在未特別說明的情況下，本文中涉及到的所有量化模擬實例均是在本地電腦（Windows系統(tǒng)）建模并生成輸入文件，在服務(wù)器（Linux系統(tǒng)）中進行計算，最后在本地電腦進行數(shù)據(jù)處理和分析。

    本文的目標是對多巴胺分子進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，并計算原子振動，從而獲得多巴胺分子的理論紅外光譜與拉曼光譜。在此基礎(chǔ)上，簡要展示如何通過Multiwfn軟件進行波函數(shù)分析，從中獲取分子軌道、靜電勢等信息。
    首先通過GaussView建立多巴胺分析模型，保存為.gjf文件并修改如下圖所示，即在b3lyp/6-311g**精度下進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化（opt）并對優(yōu)化所得的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)計算振動模式（freq）。該計算也可拆分成兩次進行，即先單獨進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，再對優(yōu)化所得結(jié)構(gòu)單獨進行振動分析。但應(yīng)注意兩次計算所采用的理論方法、基組等參數(shù)必須完全一致。進行振動分析不僅耗時，同時對于計算資源的消耗也較大。若計算資源有限，請適當(dāng)降低計算精度（例如采用b3lyp/6-31g*）或嘗試計算更小的分子。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖1
    需要說明的是，對于DFT計算若振動分析的關(guān)鍵詞僅寫“freq”的話只會輸出紅外振動模式。若希望同步計算拉曼振動模式的話，需寫為“freq=raman”。多巴胺分子的總電荷顯然為0。作為典型的有機分子（非自由基結(jié)構(gòu)），其電子結(jié)構(gòu)為閉殼層，自旋多重度設(shè)定為1。
    在服務(wù)器中調(diào)用g09進行計算（運行命令：g09 < dopamine.gjf > dopamine.out）后，通過formchk工具將dopamine.chk文件轉(zhuǎn)換為dopamine.fchk（運行命令：formchk dopamine.chk），隨后將.out文件和.fchk文件傳入回本地電腦進行進一步分析。
    通過GaussView打開dopamine.out，在模型窗口點擊鼠標右鍵—Results-Vibrations打開振動分析窗口，如下圖所示。該窗口中會顯示多巴胺分子的所有理論振動模式的頻率、紅外及拉曼振動強度。選擇感興趣的振動模式，點擊Start Animation即可在模型窗口查看該振動的具體形式。這些信息可作為參考，輔助對實驗所得光譜數(shù)據(jù)的峰歸屬判斷，或?qū)χ丿B的峰進行分峰處理。點擊Spectrum即可生成多巴胺分子的理論紅外/拉曼光譜。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖2
    由于GaussView對量化計算結(jié)果的分析能力有限，我們多傾向于采用Multiwfn進行數(shù)據(jù)分析。將dopamine.fchk用鼠標拖入Multiwfn界面，回車。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖3
    根據(jù)提示即可輸出想要的信息。例如想要進行分子軌道分析，根據(jù)提示選0，回車。Multiwfn界面便會輸出一些分子軌道的重要信息并打開一個新的窗口。下圖紅框區(qū)域給出了多巴胺分子的最高占據(jù)軌道（HOMO）和最低空軌道（LUMO）的編號和對應(yīng)能量，以及這兩條分子軌道間的能量差（gap）。根據(jù)軌道編號信息，我們可以在圖形界面查看這些分子軌道的形狀。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖4
    在圖形界面中分別將Oribitals選為41和42，即可觀看多巴胺分子HOMO和LUMO的形態(tài)。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖5
    若希望輸出更多軌道的信息，可在圖形界面中選擇Oribital info.—show all，即可在Multiwfn中顯示該分子全部軌道的信息。下圖中可以看到多巴胺分子共有264條分子軌道以及每條軌道的的能量和電子占據(jù)情況。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖6
    Multiwfn同樣可用于顯示振動計算結(jié)果，特別是對于拉曼光譜而言還可以通過設(shè)定溫度和激光波長，將拉曼活性轉(zhuǎn)變?yōu)槔鼜姸龋脭?shù)據(jù)與實驗結(jié)果可比性更好。利用Multiwfn生成光譜時，應(yīng)載入dopamine.out文件而非dopamine.fchk。依次選擇“11 Plot IR/Raman/UV-Vis/ECD/VCD/ROA/NMR spectrum”—“1:IR”—“0 Plot spectrum”即可生成紅外光譜。若想生成拉曼光譜，則應(yīng)選擇“11 Plot IR/Raman/UV-Vis/ECD/VCD/ROA/NMR spectrum” —“2:Raman (or pre-resonance Raman)”—“19 Convert Raman activities to intensities”，依次輸入激光波長（如532 nm）和溫度（如298.15 K），最后選“0 Plot spectrum”即可生成基于拉曼強度的拉曼光譜。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖7
    如果想要獲得多巴胺分子的RESP電荷，首先向Multiwfn載入dopamine.chk文件。根據(jù)提示分別選擇“7 Population analysis and atomic charges”—“18 Restrained ElectroStatic Potential (RESP) atomic charge”—“1 Start standard two-stage RESP fitting calculation”，待進度條跑至100%后即會顯示出多巴胺分子的RESP電荷，如下圖所示。
    *補充說明：請注意，從Linux系統(tǒng)中通過formchk工具得到的文件后綴名為.fchk，此處需首先將其重命名為.fch后再載入Multiwfn，否則在進行RESP計算的過程中會失敗，可能是Multiwfn軟件自身的BUG所致。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖8
    輸入“y”即可將電荷信息保存至Multiwfn軟件本體所在文件夾路徑下（dopamine.chg），可用Notepad++打開查看。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖9
    根據(jù)計算所得的靜電勢，可進一步結(jié)合VMD軟件進行處理，還可以得到精美的分子靜電勢分布圖，詳細操作參見sob老師的文章http://sobereva.com/443。根據(jù)需要，還可以繪制出兩個分子間的范德華表面穿透圖用于分析分子間的相互作用形式。
     Gaussian量化模擬入門教程（四）：實例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖10

    評論 / 文明上網(wǎng)理性發(fā)言
    12條評論
    全部評論 / 我的評論
    最熱 /  最新
    全部 3小時前 四川
    文字是人類用符號記錄表達信息以傳之久遠的方式和工具。現(xiàn)代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產(chǎn)生書面文字，很多小語種，有語言但沒有文字。文字的不同體現(xiàn)了國家和民族的書面表達的方式和思維不同。文字使人類進入有歷史記錄的文明社會。
    點贊12
    回復(fù)
    全部
    查看更多評論
    相關(guān)文章

    基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

    2020-05-03

    手把手教你用ChemDraw 畫化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

    2021-06-19

    晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

    2021-01-22

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

    2019-10-25

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

    2019-10-25

    XRD的基本原理與應(yīng)用

    2020-11-03

    熱門文章/popular

    基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

    手把手教你用ChemDraw 畫化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

    晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

    電化學(xué)實驗基礎(chǔ)之電化學(xué)工作站篇 （二）三電極和兩電極體系的搭建 和測試

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

    微信掃碼分享文章
    成人3d动漫一区二区三区_五月天婷婷在线观看视频_999精品视频在线_久久免费看毛片_日本女优爱爱视频_裸体大乳女做爰69_成人午夜视频免费在线观看_777久久精品一区二区三区无码_欧美 日韩 激情_蜜臀av性久久久久蜜臀av_国产九九在线视频_日本丰满少妇xxxx
    欧美日韩一视频区二区| 夜夜精品视频| 日韩中文欧美| 欧美在线不卡| 国产精品99免费看| 欧美国产日本| 国产欧美久久一区二区三区| 久久久久久美女精品| 正在播放日韩精品| 国产精品美女午夜爽爽| 亚洲另类黄色| 在线综合欧美| 精品免费av在线| 日韩av二区| 国产精品自在| 欧美日韩国产精品一区二区亚洲| 热三久草你在线| 欧美综合社区国产| 日韩国产在线观看| 亚洲精品综合| 日韩成人a**站| 日本一区二区免费高清| 丰满少妇一区| 国产一区二区三区不卡视频网站| 日韩国产欧美在线视频| 久久亚洲色图| 日韩精品欧美大片| 欧美久久精品| 日韩一区二区三区高清在线观看| 视频一区视频二区在线观看| 亚洲最新av| 欧美伊人影院| 视频在线不卡免费观看| 日韩成人综合| 亚洲精品91| 欧美网站在线| 亚洲综合不卡| 欧美日本一区| 国产传媒在线观看| 国产伊人精品| 日韩在线视频一区二区三区| 欧美日一区二区三区在线观看国产免| 国产精品网站在线看| 国产精品精品| 天堂av在线一区| 国产欧美日韩一区二区三区四区| 精品国产乱码久久久| 国产一区日韩一区| 日韩欧美中文字幕电影 | 国产aa精品| 婷婷国产精品| 日韩精品久久理论片| 麻豆精品av| 国产精品88久久久久久| 欧美在线不卡| 中文日韩欧美| 国产一区二区亚洲| 亚洲天堂日韩在线| 久久影院午夜精品| 日韩精品亚洲aⅴ在线影院| 成人午夜在线| 日本亚洲视频在线| 国产一区日韩一区| 成人国产精品久久| 视频在线观看国产精品| 欧美激情网址| 四虎精品一区二区免费| 日韩毛片在线| 精品福利久久久| 日韩欧美精品一区二区综合视频| 日韩国产在线| 欧美激情视频一区二区三区免费| 激情久久久久久| 麻豆精品在线播放| 日本精品国产| 亚洲丝袜美腿一区| 午夜精品婷婷| 日韩精品dvd| 国内自拍视频一区二区三区| 伊人久久大香伊蕉在人线观看热v| 99精品综合| 激情黄产视频在线免费观看| 日韩av黄色在线| 亚洲在线国产日韩欧美| 激情久久久久久| 久久九九国产| 久久久精品网| 国产精品久久久久久久久妇女| 日韩国产欧美一区二区三区| 99热精品在线观看| 久久久精品久久久久久96 | 精品一区视频| 欧美亚洲三级| 国产欧美丝祙| 欧美一级二级视频| 91欧美精品| 国产伦乱精品| 欧美国产中文高清| 久久中文欧美| 精品色999| 国产videos久久| 正在播放日韩精品| 欧美黄色网页| 九九在线精品| 中文字幕亚洲精品乱码| 日韩精品一区二区三区中文在线| 亚洲精选久久| 日韩精品一页| 国内精品伊人| 欧美91精品| 亚洲人成毛片在线播放女女| 欧美日韩伊人| 国内精品麻豆美女在线播放视频| 久久精品国产免费| 麻豆理论在线观看| 欧美+日本+国产+在线a∨观看| 99国产精品久久久久久久| 国产精品老牛| 日韩高清二区| 精品久久免费| 日韩精品麻豆| 麻豆久久精品| 国产日产精品_国产精品毛片| 欧美精品91| 午夜免费一区| 日韩中文字幕| 水蜜桃精品av一区二区| 久久精品中文| 亚洲人www| 中文字幕在线官网| 亚洲欧美日韩国产| 久久精品一区二区三区中文字幕 | 欧美日韩一视频区二区| 久久伊人国产| 国产视频亚洲| 精品视频在线你懂得| 午夜国产精品视频| 麻豆精品在线| 99热免费精品| 精品欠久久久中文字幕加勒比| 麻豆精品蜜桃| 国产欧美自拍| 伊人影院久久| 久久69成人| 国产一区二区精品| 超碰99在线| 国产日韩欧美在线播放不卡| 黄色欧美日韩| 日韩欧美不卡| 久久精品一区二区三区中文字幕 | 日韩成人亚洲| 久久国产视频网| 五月精品视频| 丝袜诱惑一区二区| 另类小说一区二区三区| 视频一区二区三区入口| 日本一区二区高清不卡| 久久国内精品自在自线400部| 亚洲激情二区| 成人自拍av| 卡一卡二国产精品| 综合激情五月婷婷| 精品欧美久久| 久久久久中文| 电影天堂国产精品| 精品亚洲成人| 你懂的亚洲视频| 欧美精品影院| 91在线成人| 日韩高清不卡一区| 亚洲欧洲国产精品一区| 午夜在线精品偷拍| 久久亚洲视频| 日韩精品一级中文字幕精品视频免费观看 | 免费视频最近日韩| 丝袜诱惑一区二区| 国产精品白丝一区二区三区| 伊人www22综合色| 日韩中文字幕av电影| 午夜影院欧美| 国产二区精品| 宅男噜噜噜66国产日韩在线观看| 美女国产一区二区三区| 国产精品尤物| 久久99国产精品视频| 麻豆精品av| 中文在线免费视频| 亚洲福利免费| 在线精品小视频| 亚洲深深色噜噜狠狠爱网站| 日韩精品免费观看视频| 欧美伊人久久| 国语对白精品一区二区| 一区二区三区四区日本视频| 色在线视频观看| 亚洲免费播放| 91精品国产自产精品男人的天堂 | 亚洲深夜福利| 日韩三区四区| 国产91欧美|
    +

    你好，很高興為您服務(wù)！

    發(fā)送